Kay dhe Jay ribashkohen për të ofruar linjën tonë më të mirë, të fundit dhe të vetme të mbrojtjes kundër një joshëseje të keqe, e cila përballet me sfidën më të vështirë deri më tani ndaj deklaratës së misionit të pandotur të MIB? duke mbrojtur Tokën nga llumrat e universit. Kanë kaluar katër vjet që kur agjentët në kërkim të të huajve shmangën një fatkeqësi ndërgalaktike me përmasa epike. Tani është një garë kundër kohës pasi Jay duhet ta bindë Kay-n? i cili jo vetëm që nuk ka absolutisht asnjë kujtim për kohën e kaluar me MIB, por është gjithashtu i vetmi person i gjallë që ka mbetur me ekspertizën për të shpëtuar galaktikën? për t'u ribashkuar me MIB përpara se toka t'i nënshtrohet shkatërrimit përfundimtar.