Një grup misterioz ninjash kryen një sulm të befasishëm në Konohagakure, i cili merr dëme të mëdha. Makthi i një tjetër Lufte Botërore Shinobi mund të bëhet realitet. Sasuke, i cili ishte ende një nin i zhdukur nga Konoha duke u përpjekur të vriste vëllain e tij, Itachi, shfaqet për herë të dytë përpara Narutos në një vend të panjohur për të parandaluar që kjo të ndodhte.